I. Lãnh đạo Ban QLDA gồm có: Giám đốc và 03 Phó Giám đốc
II. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ: 05 phòng
- Văn phòng.
- Phòng Kế hoạch - tài chính.
- Phòng Điều hành dự án 1.
- Phòng Điều hành dự án 2.
- Phòng Tư vấn - thẩm định.